Dans ce nouvel opus, le jeu à certaines améliorations, comme par exemple :
De nouvelles armes allant de la nouvelle Super Clé Millénium 12 jusqu'à le T.E.L.T. V (T'Éclater La Tronche) qui tire des salves de tirs destructeurs ainsi que des connues (comme le discozigzag). De nouveaux éléments ont été ajoutés :
Pouvoir manier plus souvent Clank (qui à la possibilité désormais de contrôler le temps grâce aux boules temporelles pour ralentir celui-ci) que dans les précédents opus. Cela donnera également lieu à des casses-têtes pour le moins compliqués;
De nouvelles planètes qui sont assez assez variées;
Voyager dans l'espace en utilisant l'Aphelion afin de visiter des minis-planètes pour retrouver les zonis et bien plus encore;
Les hoverboots sont aussi un élément fondamental du jeu. Elles permettent de se déplacer plus rapidement et pour faire des phases de plates-formes.
De nouveaux mouvements rendent votre tactique plus performante ( les nouvelles armes de l'Aphelion, le nouveau sceptre de Clank… )