Ce qui m'a choqué, dans ACIT, c'est surtout ça.
Qu'il soit clairement dit que la grande horloge n'est pas faite pour changer le cours du temps, alors que grâce à Sigmund, Ratchet et Clank forcent l'ouverture d'un portail sur la planète Morklon pour justement changer le cours de l'histoire, et ainsi vaincre les Agoriens dix ans auparavant. Certes, la Grande Horloge n'est pas une machine à remonter le temps, mais indirectement, elle l'est, via les failles temporelles…
De plus, il y a une salle secrète ou on peut "réparer" le temps sur la planète Fastoon…
Nouvelle "incohérence", toujours dans ACIT :
Lorsque Ratchet se fait catapulter attaché à un astéroïde, il a une chance incroyable d'atterrir sur la planète Morklon quelques heures plus tard ! Alors que Nefarious a dérivé pendant DES ANNÉES ! Neffy aurait mieux fait de diriger l'astéroïde vers le soleil le plus proche…
Autre chose choquante, à deux moments dans Ratchet & Clank 2 :
- Au tout début sur Aranos, quand Ratchet se fait prendre par derrière par deux robots, alors qu'il en a explosé des dizaines en arrivant, il se sent obligé de sauter pour s'en sortir.
- Pareil sur la planète Boldan, lorsque Ratchet se fait encercler par les Thugs, il se rend sans aucune résistance, alors qu'il a éliminé des dizaines de Thugs en arrivant ! Il lui suffirait de sortir ses flingues pour s'en sortir !
Et puis évidemment, une incohérence présente dans tous les jeux :
Pourquoi Ratchet n'utilise pas l'hélipack/propulsopack/ses hoverbottes pour ralentir sa chute dans le vide ? 
Pour répondre aux incohérences précédentes :
Concernant Clank, en effet, il est né sur Quartu, seulement Orvus lui a offert une conscience lors de sa fabrication. D'où la fameuse "erreur". Et la question "qui a appuyé sur le bouton rouge ?" du manuel de R&C1 a une réponse : c'est Orvus ! N'oublions pas que Sigmund était un robot nettoyeur avanr qu'Orvus lui offre une conscience.
Concernant la phrase de Nefarious, peut-être n'était-il pas au courant que les Lombax étaient partis dans une autre dimension. Mais dans un domaine plus "réel", n'oublions pas que R&C3 a été conçu trois ans avant Opération Destruction, et donc, les incohérences scénaristiques sont nombreuses entre les épisodes. Notamment le cas Angela, qui était d'abord considérée comme une lombax (mais le fait qu'elle n'avait pas de queue laissait planer un léger doute), puis le doute disparut dans ACIT quand on apprend, via la radio, que les lombax femelles n'ont pas de queue.
Pour toi cher Hammerhead, il ne faut pas oublier qu'Alister vit reclus sur une planète éloignée, dans une galaxie différente de celle où Ratchet a réalisé des exploits héroïques. Il y a donc de grandes chances qu'il n'était pas au courant, car il vit en ermite ! Et peut être qu'il refuse de croire les infos, car n'ayant plus vu de lombax depuis 20 ans, ça paraît incroyable. De plus, le prénom Ratchet ne lui dit rien, vu que ce n'est pas le "vrai" prénom de Ratchet (cf. Tachyon à la fin d'OD).