Je vais vous faire un petit topo de l'histoire pour que ceux qui ne connaissent pas puissent comprendre
Alors, tout commence sur l'ile du Destin, trois adolescents, Sora, Kairi et Riku. Ils sont "enfermés" dans leur monde avec quelques autres personnages. Alors que Sora et Kairi aiment leur vie, Riku est avide de liberté, il veut découvrir le monde. Avec ses deux amis, il construit alors un radeau qui les emmènera vers d'autres mondes. Seulement, la veille du départ, la nuit plus précisément, Sora se réveille et entend une tempête. Il s'inquiète pour le radeau et part sur l'ile. Il voie les barques de Kairi et Riku, ils sont donc revenus eux aussi. Des créatures noires apparaissent alors, voulant attaquer Sora. Celui-ci se bat avec une épee en bois qui n'a aucun effet. Il finit par retrouver son ami Riku qui cède aux ténèbres, Sora s'enfonce dans les ténèbres, heuresement, la Keyblade, une épee en forme de clé, détruit les ténèbres. Sora finit par retrouver Kairi qui disparait en lui puis leur monde est détruit par les ténèbres.
Quelques heures plus tard, Sora se réveille dans la Ville de Traverse, il est dans un autre monde. Il finira par faire la connaissance de Donald et Dingo qui doivent suivre le porteur de la Clé, donc Sora. Celui-ci va partir à l'aventure pour retrouver ses amis pendant que les deux compères cherchent le Roi Mickey qui est parti pour sauver les mondes.