Je pense que c'est encore plus complexe qu'une histoire de code. Tous les soucis évoqués jusque là sont directement liés à une valeur élémentaire qui est gérée dans n'importe quel logiciel 3D ou moteur de jeu : l'échelle. Autrement dit, les dimensions de l'objet 3D.
Cette valeur était probablement gérée différemment sur leur moteur PS2, et tenant compte des spécifications techniques de la console. La transition vers une structure adaptée à la PS3 a probablement causé des erreurs d'échelle au niveau de certains éléments.
La seule autre explication possible, serait que les développeurs aient volontairement retouché certains éléments pour des raisons probablement valables mais que l'on ignore.
Dans le cas des collections HD, les développeurs retravaillent principalement les textures et boostent la structure du moteur de jeu pour qu'il puisse afficher de la HD, ainsi que gérer un anti-aliasing performant.
C'est rare qu'ils retouchent les modèles 3D, ils ont plutôt tendance à les laisser intacts. La seule exception que je connaisse étant le portage HD de Oddworld : Stranger's Wrath où ils ont nettement boosté le nombre de polygones sur les personnages.
C'est un travail assez délicat, car ils doivent repasser derrière des développeurs qui codaient avec leurs habitudes et leurs techniques personnelles. Autrement dit, ils doivent s'attaquer chaque fois à quelque chose de fragile, susceptible de casser à la moindre petite modification au sein du code.
Personnellement, ces petits bugs d'échelle ne vont clairement pas me décourager d'acheter cette Trilogie HD car elle vaut largement mieux que ça. Néanmoins, c'est toujours regrettable de constater ce genre de défauts qui, à la base, étaient absents des versions originales, tout comme l'absence d'un menu pour switcher d'un jeu à l'autre sans avoir à relancer le disque.
Rien de réellement problématique à mes yeux, mais cela mérite d'être souligné.